Emellett azonban a pincék is rendkívüli jelentőséggel bírnak a bor minőségének alakításában. S nagyon fontos hatást fejt ki a pincepenész is az oly kitűnő italok minőségében.
Különleges adottságú pincék
Tokaj – Hegyalja pincerendszere 600- 700 éves múltra tekinthet vissza. Ezek a pincék mélyen a föld alá nyúlnak, s figyelmes szemlélő számára is csak egy pinceajtó az, ami a föld felszínén felfedezhető. Egyedülálló a tokaji pincék klímája. A hőmérséklet 10 oC, a páratartalom pedig 80% körüli, s ezek a tulajdonságok az év nagy részében állandóak, így a pincék mikroklímája kiválóan alkalmas a borok érlelésére. Emellett a falakat 1-3 cm vastagságban pincepenész (Cladosporium cellare) borítja, amelynek a pincék az állandó nedvességtartalmat köszönhetik. Emellett a felszabaduló alkoholgőzök, valamint illóanyagok kondenzációjával elősegíti a bor aromájának és zamatának kialakulását. Kedvező hatása még, hogy a pincékben meggátolja más, káros gombafajok elszaporodását.
Egyedülálló borkezelési mód
Hegyalján a pincepenésznek köszönhető az, hogy a borokat más borvidékektől eltérően, különleges módon kezelik. Az érlelés első időszakában ugyanis csak félig töltik a hordót, hogy a bor minél nagyobb felületen érintkezzék a levegővel. Ez az eljárás eredményezi a Tokaji borok kiváló zamatát, illatát, színét, s teszi azt a világon egyedülállóvá.
Tokaji borkülönlegességek
A Tokaji Aszúeszencia az aszúborok közül is kiemelkedő minőségű. A legjobb évjáratból, s a borvidék legkiválóbb termőterületein készül. Tulajdonképp olyan aszúbor, amelyben minden kimagasló tulajdonság megtalálható, s összetétele, tulajdonságai alapján több, mint egy 6 puttonyos aszú. A tokaji borok legkülönlegesebb, legritkább és legfenségesebb itala. Az egykori királyi udvarokban "királyi elixír"-ként emlegették.
A Tokaji Eszencia vagy nektár a tőkén aszúsodott és külön szüretelt szőlőszemekből préselés nélkül kifolyó must, amelyből minimális szeszes erjesztés (6 v / v % alatti) során készül borkülönlegesség. A szőlőszemekből a mézsűrűségű must saját tömegük által szivárog ki, s magas cukortartalma (min.250 g/ l ) miatt sosem forr ki teljesen. Emiatt csak évek múltán válik harmonikussá és zamatos ízűvé.
A Tokaji Szamorodni a tőkén aszúsodott szőlőszemeket is tartalmazó, válogatás nélkül szüretelt fürtök feldolgozásával készül. Első készítői a lengyelek voltak, neve is lengyel eredetű: "samorodny" jelentése "magán termett", "magától lett". Ha a fürtökön sok az aszúsodott szem (10 g/l cukortartalom felett), akkor édes, ha kevesebb, akkor száraz szamorodni készíthető. Forgalomba csak 2 évet követő, hegyaljai pincében történő érlelés után hozható.
A Tokaji Fordítás az aszútésztára vagy a szamorodni törkölyére felöntött mustból vagy borból készül. A törköly vagy aszútészta még tartalmaz kioldatlan anyagokat, többek között szőlőcukrot, s erre öntik fel a mustot vagy óbort, amely így kioldja a még benne lévő értékes anyagokat. Az így keletkezett, úgynevezett "másodaszút" többnyire házasításra használják.
A Tokaji Máslás az aszú vagy a szamorodni lefejtése után fennmaradó seprőre felöntött mustból vagy borból készül. A seprő szintén tartalmaz még értékes vegyületeket, amelyek a hozzáadott borban kioldódnak, s javítják annak minőségét. Általában borkülönlegességek házasítására használják.
Hogy Tokaji jégbor készülhessen, rendszerint -7 Celsius fokos hőmérsékletig kell várni a szürettel, ami gyakran csak januárban következik be Tokaj-Hegyalján. A túlérett szőlő a tőkén megfagy, s ezt dolgozzák fel. Jégbornak csak akkor nevezhető, ha mustfoka eléri a töppedt szőlő mustjáét.